Janet Museveni đã thành lập Nỗ lực của phụ nữ ở Uganda để cứu trẻ mồ côi (UWESO), một cơ quan cứu trợ tư nhân vào cuối năm 1986, mà cô nói được hình thành từ kinh nghiệm của mình khi là người tị nạn. Bà bắt đầu tham gia vào các chiến dịch phòng chống HIV / AIDS ở Uganda vào những năm 1990, tạo mối quan hệ với mục sư cấp tiến Martin Ssempa để giáo dục giới tính chỉ kiêng khem ở Uganda.[7]

Vào tháng 11 năm 2005, Museveni tuyên bố rằng cô sẽ tham gia vào quốc hội của quận Ruhaama trong cuộc tổng tuyển cử tháng 2 năm 2006. Bà tranh giành ghế với ứng cử viên cho Diễn đàn Thay đổi Dân chủ, Augustine Ruzindana, và giành chiến thắng áp đảo. Bà được bầu lại vào tháng 3 năm 2011 với nhiệm kỳ năm năm khác.

Vào ngày 16 tháng 2 năm 2009, Janet Museveni được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Nhà nước về các vấn đề Karamoja, bởi chồng bà, Tổng thống Yoweri Museveni.[8]

Vào ngày 27 tháng 5 năm 2011, bà được nâng lên làm Bộ trưởng phụ trách các vấn đề Karamoja, hoàn thành với một Bộ trưởng Nhà nước về các vấn đề Karamoja.[9]

Vào ngày 6 tháng 6 năm 2016, sau khi chồng bà tái đắc cử làm Tổng thống, bà được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Thể thao.